В 1789 г. немецкий химик Мартин Генрих Клапрот выделил двуокись циркония в результате анализа минерала циркона.

В виде порошка впервые цирконий был получен гораздо позже — в 1824 г. Йенсом Якобом Берцелиусом, а пластичный цирконий получили только в 1925 г. голландские ученые А. ван Аркел и И. де Бур вследствие термической диссоциации иодидов циркония.